Puerto Misahuallí empieza a poblarse a partir de la Guerra de 1941, cuando la gente de la rivera del río Napo se refugió en el sector. Según datos del señor Guillermo Rivadeneyra uno de los habitantes más antiguo del lugar (1963), donó unas hectáreas de terreno a los militares para que construyan su destacamento.
Con la inauguración de la carretera Puerto Napo-Misahuallí, en el año 1966 y la llegada de las compañías Petroleras, la población empieza a desarrollarse. En 1967 un grupo de ciudadanos, solicitan la donación de 7 hectáreas al General Guillermo Rodríguez Lara, Ministro de Defensa, el IERAC (Instituto Ecuatoriano de Reforma Agraria y Colonización), hoy INDA, dirigió la colonización del lugar. El 30 de abril de 1969, Puerto Misahuallí es elevado a la categoría de Parroquia, siendo el primer Teniente Político el señor Alfonso Cortés; Puerto Misahuallí festeja sus fiestas el primero de mayo, coincidiendo con el festejo del patrono de la parroquia San José Obrero cuya festividad. Hasta antes del aparecimiento de la carretera, Misahuallí fue un puerto con gran movimiento comercial en la rivera de sus ríos. Cuentan que en un inicio, no existía cura párroco, debían traerlo desde el Tena, a celebrar misas por la noche, por la falta de energía se utilizaba cera o esperma que la llamaban “hualli”, desde entonces los pobladores dieron el nombre de Misahuallí a la “misa con velas”. También se dice que “hualli”, significa “troncos”, los que traía abundantemente el río cuando crecía
